Antes de la llegada del cajón al flamenco, la percusión formaba parte del propio cuerpo y del entorno natural del intérprete. Las palmas marcaban el compás con precisión, funcionando como un auténtico metrónomo humano dentro del cuadro flamenco, mientras que los pitos y los golpes sobre la guitarra añadían acentos rítmicos y reforzaban la estructura musical. El zapateado elevaba aún más esta dimensión percusiva, convirtiendo al bailaor en un verdadero músico capaz de dialogar con el cante y la guitarra a través del ritmo. También tuvieron presencia las castañuelas, aunque más vinculadas a la escuela bolera y a estilos festivos que al flamenco más tradicional. Ya en los años 70, comenzaron a incorporarse instrumentos como bongós y congas en contextos de fusión, como se puede apreciar en Entre dos aguas, donde participó Pepe Ébano.